老鼠可傳染鼠疫、漢他病毒、鼠源性斑疹傷寒、鼠尿病、鼠咬熱、恙蟲病等多項疾病，狂犬病則屬於有可能發生的疾病。

鼠疫的病原體為「鼠疫桿菌」，這種桿菌普遍分佈於溫、熱帶地區的鼠群，可經由帶原的印度鼠蚤透過家鼠、家畜或寵物傳給人類；除印度鼠蚤外，其他種類的跳蚤亦有可能充當病媒。鼠疫如未經治療其致死率為 30 ～ 60%；人得了鼠疫後，最初的反應是被跳蚤咬傷之部位附近的淋巴腺會發炎，這就是「腺鼠疫」，經常發生於鼠蹊部、腋下或頸部，受感染的淋巴腺會發炎紅腫，壓會痛，且可能流膿，通常會有發燒現象。所有的鼠疫，即使包括淋巴腺發炎不明顯的病例，皆可引起敗血性鼠疫，經由血液感染至身體各部位。而人與人之間的傳染可造成局部地區的疫情爆發或毀滅性的大流行。

根據研究調查結果顯示，台灣地區目前至少有嚙齒目的溝鼠、家鼠、鬼鼠、黃胸鼠、月鼠、小黃腹鼠、赤背條鼠及食蟲目的錢鼠等八種漢他病毒宿主存在。主要途徑是經由呼吸道吸入鼠類分泌物之飛沫，因為病毒存在於被感染而無症狀之嚙齒類動物的尿液、糞便或唾液中，但由其肺部中可發現高濃度的病毒，人類一旦吸入或接觸遭病毒污染的空氣微粒或污染物就有可能遭受感染，而被帶病毒之嚙齒動物咬到也會受到感染；至於，老鼠身上會叮咬人的寄生蟲（跳蚤、蜱蟲、恙蟲等）則未被發現會傳播漢他病毒。漢他病毒出血熱的三大臨床表徵為：發燒、血小板減少、急性腎衰竭。

鼠源性斑疹傷寒又稱「地方性斑疹傷寒」，病原體為普遍存在於鼠群中的「傷寒立克次體」，遍布全世界，但以溫帶和熱帶地區較多，主要發生在有大量老鼠棲息，且人鼠同居住在同棟或鄰近建物的地區，身上帶原的印度鼠蚤可充當病媒。具傳染性的鼠蚤在吸血時排出立克次體而污染了叮咬部位或其他帶傷口的皮膚，導致感染；偶爾也會因吸入乾了的蚤排泄物灰塵而染病。鼠源性斑疹傷寒在各年齡層的致死率依年齡而增加，但均小於１%。

鼠尿病又稱「鉤端螺旋體病」，是由致病性「鉤端螺旋體」感染產生的感染症，是溫帶及熱帶地區常見的人畜共通感染病。屬於鉤端螺旋體種，細桿狀螺旋型，二端呈現鉤狀具內鞭毛的螺旋體，幾乎所有的哺乳類動物都可經由傷口被感染；主要宿主有老鼠、狗、牛、羊、豬、馬等。動物感染鉤端螺旋體後，造成腎臟慢性感染，並且由尿液大量排菌，再經由尿液污染水、土壤及物體等，進而感染人類。當人們在帶菌區域工作或活動時，可經由皮膚、黏膜或傷口接觸到受污染的土壤或水而得病，亦有少部份因直接接觸動物及其組織而感染。需特別留意之職種為：務農、下水道工程人員、消毒業除鼠者等。此外，鼠尿病可人傳人，尤以年輕人發病例最多；孕婦患病則可能傳給胎兒，需留意！該病的潛伏期只有兩三天，初期症狀類似一般感冒，高燒、頭痛、嘔吐等，有時被當成感冒治療，因而耽誤治療，進而導致出現黃疸、腹瀉或出疹等徵兆，病人會呈現高燒不退，渾身酸痛，眼睛偏紅黃色等症狀；再不及時治療，就會導致腎臟損傷、腦膜炎、肝臟衰竭，嚴重者會導致死亡。

鼠咬熱是指哺乳動物被老鼠咬傷所感染的一種傳染病，其主要病原體為「小螺菌、念珠狀鏈桿菌」等兩種，被感染者被會因病原體不同而呈現不同症狀。小螺菌又稱「鼠咬熱螺旋體」，長約 3～5 μm，有鞭毛，運動迅速，其所導致的疾病為「螺菌熱」；念珠狀鏈桿菌，長 1～3 μm，呈圓形、卵圓形或梭形等，其所導致疾病為「鏈桿菌熱」。老鼠是鼠咬熱的傳染源，咬過病鼠的貓或其他食肉動物皆有可能感染此病；被老鼠咬到也可能感染此病。美國麻省哈佛山曾由牛奶引起此病流行，乃因乳牛被老鼠咬傷所致，故又稱「哈佛山熱」。滅鼠是杜絕此病的最好方法。

恙蟲病又稱「叢林型斑疹傷寒」，不會直接由人傳人，它是由立克次體引起的急性傳染病，可經由感染立克次體的恙蟎叮咬傳播，症狀會包括：發燒、畏寒、劇烈頭痛等，嚴重者可能會導致肺炎、器官衰竭或出血，致死率為１%～６０％不等。通常人體被恙蟎叮咬的部位會形成特有的洞穿式焦痂，很容易辨識；恙蟎則來自戶外草叢或室內老鼠經常聚集的地方（舉如：木作天花板內）。戶外草叢到處有，不容易預防；居家室內則務必防堵老鼠入侵，尤其在天花板內大肆活動。